Отличия в множественных выравниваниях. Pr12

В данной работе были исследованы на различия множественные выравнивания последовательностей ACCA_BACSU, ACCA_ECOLI, ACCA_NEIMB. Далее приведен сам файл сравнения формата JalView, а также скриншоты и описания отличий отдельно:

JalView file

На продемонстрированых скриншотах первое выравнивание сделано с помощью программы Muscle, второе - Mafft, третье - T-coffee.

Отличие 1.

1dif

Первое отличие состоит в том, что при выравнивании с помощью программ Mafft и T-coffee (т.е последних двух троек) в красной области в четвертой колонке T-coffee гомологичны аминокислотные остатки N и M (ACCA_ECOLI И ACCA_NEIMB), и имеют координаты ASN(4) и MET(1).

Отличие 2.

2dif

Второе отличие также находится между последними двумя тройками. Глутамат во второй колонке T-coffee ACCA_ECOLI гомологичен аспартату ACCA_BACSU с координатами GLU(38) и ASP(27).

Отличие 3.

3dif

Третье отличие можно найти в разнице выравниваний программами T-coffee и Mafft. В выравнивании t-coffee VAL(275) BACSU гомологичен GLY(277) NEIMB, а в выравнивании Mafft VAL(275) BACSU гомологичен PHE(276) NEIMB.